Los orígenes más remotos de la Contraloría de la Armada de Chile datan del año 1927, año en que bajo el Gobierno de Carlos Ibañez del Campo, se dispone la organización de los Servicios Superiores de la Institución, creándose según Decreto Supremo N° 1077 del 14 de Mayo de 1927, la Contraloría de la Armada, organismo paralelo a la Dirección del Material, Dirección del Personal, Dirección del Territorio Marítimo y Comisaría General, siendo su dependencia directa del MINISTRO de MARINA, y su Contralor, el Capitán de Navío (Contador) Sr. Julio JARA C.

Sus funciones en esta oportunidad fueron:

Reunir antecedentes e informes para resolver los asuntos relacionados con Finanzas de Marina.

Administración del presupuesto.

Mantenimiento de la flota y de los servicios de tierra.

Abastecimiento de los arsenales y reserva de materiales y pertrechos.

Llevar resúmenes estadísticos del abastecimiento, materiales y pertrechos.

Colaborar con el Estado Mayor General de la Armada en trabajos de logística.

Calcular costos y medios requeridos para realizar planes de movilización.

Coordinar datos para la cuenta de inversiones del Presupuesto de Marina.

Velar porque en Comisarías y Contadurías se observen métodos prácticos y uniformes y que el personal cumpliera sus obligaciones administrativas de los caudales públicos.

Asesorar al Inspector General de la Armada en el aspecto administrativo en sus inspecciones a las Unidades y dependencias de la Armada.

En Abril de 1931, de acuerdo a una nueva estructuración Institucional, la Contraloría de la Armada desaparece, siendo absorbidas sus funciones, por otras Direcciones y Organismos Superiores. El Departamento de Contabilidad de la época pasa a ser Dirección de Contabilidad al mando del Contraalmirante Sr. Manuel Tellechea Wormald.

El año 1948, serios problemas ocurridos en la Marina, ponen en evidencia fallas en el Control Interno Institucional, lo que impulsa la reorganización de los Servicios Administrativos de la Armada.

Así, por Decreto Supremo N° 1374, del 7 de Julio de 1949 se dispone como interventor para llevar a efecto esta reorganización al Capitán de Navío Sr. Jorge Videla Cobo, quién asesorado por el Jefe del Departamento de Inspecciones de la Contraloría General de la República, Sr. Humberto Muñoz y después de varios meses de estudio concluyó que era necesario crear un Organismo de Control de todas las funciones administrativas de las Reparticiones y Buques de la Institución, creándose por tanto nuevamente la Contraloría de la Armada.

Estos hechos ocurrieron bajo el Gobierno de Gabriel González Videla y siendo Comandante en Jefe de la Armada el Almirante Sr. Carlos Torres Hevia. Es, por tanto, el creador de la Contraloría de la Armada él Capitán de Navío Sr. Jorge Videla Cobo.

Conforme a lo dispuesto en el Decreto C.J.A. N° 3160, del 24 de Septiembre de 1949, se designa Contralor de la Armada al Capitán de Navío Sr. Donald MC INTYRE Griffith, quién asume esta función el 1° de Octubre de 1949, despachándose el primer Oficio Contralor el 15 de Octubre de 1949, fecha que por constituir la referencia de entrada en funciones efectivas ha sido fijada, como el día oficial de la Contraloría de la Armada. Como Subcontralor de la Armada, asume en esta oportunidad, el Capitán de Corbeta Sr. Carlos VALENZUELA Huerta.

A partir de su creación la Contraloría de la Armada ha evolucionado, se ha reestructurado y perfeccionado. En 1962, siendo Contralor el Capitán de Navío Sr. Arturo OXLEY Undurraga y por D.S. Nº 39 del 11 de Enero se deroga el Reglamento original, sustituyéndose por otro que, tiene las siguientes características:

Se define la Contraloría como oficina Superior de la Armada, que “Complementada por la Dirección de Abastecimiento y Dirección de Contabilidad, permitirá al Comandante en Jefe de la Armada administrar y fiscalizar eficientemente la Institución y llevar en forma exacta y oportuna la cuenta y razón de todos los bienes y recursos puestos a su disposición”.

Su dependencia es directa del Sr. Comandante en Jefe de la Armada.

Sus funciones básicas y obligaciones se orientan hacia el control y fiscalización del debido ingreso e inversión de todos los fondos y especies de que dispone la Armada de Chile para el desarrollo de sus funciones.

Sus funciones no obstan a las que corresponden a la Contraloría General de la República.

El Contralor de la Armada y el Subcontralor de la Armada serían Oficiales o Empleados Navales, con asimilación no inferior a Capitán de Navío o Capitán de Fragata respectivamente.

Se dispone la existencia de Inspectores de Contraloría y de los Departamentos de Control General, Control de Valores y Control de Especies.

En 1970, siendo Contralor el Contraalmirante Sr. Adolfo WALBAUM Wieber y por D.S. Nº 916 del 1º de Octubre se deroga el reglamento vigente y se reemplaza por uno de las siguientes características:

La Contraloría de la Armada cambia su dependencia de la CJ.A a la D.G.S.A.

Se incorpora como misión: “Fiscalizar, con libertad de acción, el ingreso e inversión de los fondos, bienes o especies de que dispone la Armada, con el propósito de asegurar el correcto empleo de esos valores, conforme a las disposiciones legales y reglamentarias vigentes”.

Se definen Departamentos de Control de Remuneraciones – Control de Fondos – Varios Deudores y Fianzas – Control e Inspección de Almacenes.

Este Reglamento estuvo vigente hasta 1983.

En 1983, siendo Contralor el Contraalmirante Sr. Fernando NAVAJAS Irigoyen y según D.S. Nº 303 del 15 de Mayo se aprueba un nuevo Reglamento Orgánico, muy similar al anterior, con cambios en la denominación de los departamentos y supresión de las tareas no vigentes.

En el año 1979, el Contralor de la Armada de la época, Contraalmirante Sr. Julián BILBAO Mendezona sugirió que la dependencia de la C.A. fuera de la C.J.A., iniciativa que prosperó en 1985, incorporándose en esta oportunidad, cambios en la Misión y nuevas funciones, desprendiéndose finalmente la necesidad de ampliar el campo de acción de la C.A. a todo el ámbito institucional, reemplazando y readecuando la metodología de uso interno, por procedimientos y métodos modernos y estructurados.

En lo financiero contable, se pretende desarrollar o readecuar, procedimientos de Control Interno en todos los organismos de la Institución, mantener el control documentario, empleo de técnicas de auditoría avanzadas y auditoría computacional para permitir la evaluación de la gestión financiera de la Armada, etc., para llegar finalmente al actual Reglamento Orgánico de la Contraloría de la Armada, aprobado por Resolución del Comandante en Jefe de la Armada, 1-29/1 del 10 de Diciembre de 1993.