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Ejerce el mando superior de la institución un Oficial General con el grado de Almirante, en el cargo de Comandante en Jefe de la Armada (C.J.A.), quien es asesorado en el alto desempeño de sus funciones por el Consejo Naval, compuesto de todos los Almirantes, el Estado Mayor General de la Armada (E.M.G.A.), la Dirección General del Personal de la Armada (D.G.P.A.), la Dirección General de los Servicios de la Armada (D.G.S.A.), la Dirección General de Finanzas de la Armada (D.G.F.A.) y la Dirección General del Territorio Marítimo y Marina Mercante (D.G.T.M. y M.M.).

El mando de las Fuerzas Navales lo ejerce a través de los Mandos Operativos y de Apoyo Operativo.

Los Mandos Operativos están constituidos por la Comandancia en Jefe de la Escuadra (ESCUADRA), las Comandancias en Jefe de las Zonas Navales ( C.J.ZZ.NN.), la Comandancia de la Fuerza de Submarinos ( FZA.SS.), las Fuerzas Especiales (FU.ES) y la Fuerza de Acción Rápida (F.A.R.).

Los Mandos de Apoyo Operativo están constituidos por la Comandancia General de Infantería de Marina (C.G.I.M.) y Comandancia de la Aviación Naval (C.Av.N.).

Dependen directamente de la C.J.A. los siguientes organismos:

Contraloría de la Armada (C.A.). Es el organismo encargado de velar por el correcto ingreso e inversión de los fondos públicos que el Estado asigna a la Institución.

Auditoría General de la Armada (A.G.A.). La Auditoría General constituye la Jefatura del Servicio de Justicia de la Armada. Su función es asesorar legalmente al Comandante en Jefe de la Armada y al Ministerio de Defensa Nacional.

Secretaría General de la Armada (S. G. A.). Es el organismo asesor y de trabajo del Comandante en Jefe de la Armada, en lo concerniente a la organización institucional y el manejo administrativo de la documentacion despachada y recibida por la Comandancia en Jefe.

Dirección de Inteligencia de la Armada (D.Int.A.). Es el organismo que recopila y procesa informaciones, las que evalúa y entrega a la C.J.A. para que logre efectuar la mejor decisión ante varios cursos de acción.

Servicio de Telecomunicaciones e Informática de la Armada (S.Tc. Inf.A.). Es el encargado de proporcionar un enlace expedito y seguro entre los mandos para el desarrollo de operaciones navales y para la administración de la Institución y.el encargado del desarrollo de sistemas de información operativos y administrativos requeridos por la Armada. Administra los medios computacionales de la Institución y se relaciona con organismos y centros de estudios del rubro.

Servicio Hidrográfico y Oceanográfico de la Armada (S.H.O.A.). Es el encargado de proporcionar todos los elementos e informaciones destinadas a dar seguridad a la navegación en el mar territorial, aguas interiores, altamar contigua, vías fluviales y lacustres.

Su campo de acción comprende hidrografía, cartografía, oceanografía, mareas, maremotos, geografía, navegación, astronomía, señales horarias, aerofotogrametría, señalización marítima y demás ciencias necesarias para asegurar una navegación precisa y expedita.

* Texto del año 1999 sacado de la web oficial de la Armada de Chile, en el año 1999.